La Oficina de Control Institucional es el órgano de control, encargada de ejecutar el control gubernamental interno y externo posterior, promoviendo la correcta y transparente gestión de los recursos y bienes de la Dirección Regional de Agricultura Madre de Dios, cautelando la legalidad y eficiencia de sus actos y operaciones, así como el logro de sus resultados.  Está a cargo de un funcionario con categoría de Director, quién tiene dependencia jerárquica y administrativa de la Dirección Regional de Agricultura y técnico-normativo de la Contraloría General.

 Ejecutar las acciones y actividades de control a los actos y operaciones de la Dirección Regional de Agricultura, que disponga el  Órgano de Control Institucional del Gobierno Regional Madre de Dios, Contraloría General de la República, así como las que sean requeridas por la misma Dirección Regional.

 Recibir y atender las denuncias que formulen los funcionarios y servidores públicos y ciudadanos sobre actos y operaciones de la Dirección Regional, otorgándole el trámite que corresponda a su mérito y documentación sustentatoria respectiva.

 Verificar el cumplimiento de las disposiciones legales y normativa interna aplicables a la Dirección Regional de Agricultura, conforme a las disposiciones sobre la materia.

 Remitir los informes resultantes de las acciones de control al Gobierno Regional Madre de Dios, Contraloría General de la República, así como a la Dirección Regional de Agricultura, conforme a las disposiciones sobre la materia.

  Efectuar el seguimiento de las medidas correctivas que adopte la Dirección Regional de Agricultura, como resultado de las acciones y actividades de control, comprobando su materialización efectiva, conforme a los términos y plazos respectivos.

 Coordinar las acciones de su competencia con el Órgano Regional de Control.

Otros que establezca la Contraloría General de la República.